Trường THPT Nguyễn Trãi được thành lập từ năm 1994 theo Quyết định số 106-TC/UBTH của UBND tỉnh Thanh Hóa với tên gọi là Trường phổ thông bán công cấp III Thị xã Thanh Hóa. Đến ngày 22 tháng 12 năm 1995 theo quyết định số 3352 TC/UBTH của UBND tỉnh Thanh Hóa trường được đổi tên thành trường PTTH Nguyễn Trãi. Đến ngày 31/5/2010, theo Quyết định số 1825/QĐ-UBND của UBND tỉnh Thanh Hóa, Trường phổ thông trung học Nguyễn Trãi - thành phố Thanh Hóa được chuyển đổi từ loại hình bán công sang loại hình công lập và chính thức lấy tên Trường THPT Nguyễn Trãi. Trải qua nhiều năm xây dựng và phát triển, các thế hệ lãnh đạo, cán bộ, nhân viên, thầy cô và học sinh nhà trường đã không ngừng cố gắng, cùng nhau xây dựng nhà trường ngày một vững mạnh.

          Cơ cấu tổ chức nhà trường gồm: Hội đồng trường; Hiệu trưởng, 2 Phó hiệu trưởng, Hội đồng thi đua khen thưởng, Hội đồng kỷ luật, tổ chức Đảng Cộng sản Việt Nam, tổ chức Công đoàn, tổ chức Đoàn thanh niên. Nhà trường có 7 tổ chuyên môn, 1 tổ văn phòng. Hằng năm nhà trường thành lập và kiện toàn Ban Khảo thí, Ban nền nếp, Ban tư vấn học đường, Ban an toàn giao thông, Ban hoạt động giáo dục ngoài giờ lên lớp...

          Năm học 2020 - 2021, 2021-2022 nhà trường có 25 lớp với hơn 1000 học sinh và  64 cán bộ, giáo viên, nhân viên. Với sự định hướng phát triển quy mô trường lớp học, trong những năm học tới nhà trường sẽ tiếp tục đề nghị UBND thành phố, SGD& ĐT tăng thêm chỉ tiêu tuyển sinh để năm 2025 có 30 lớp học, đến năm 2030 có 36 lớp học.

          Trong những năm qua lãnh đạo nhà trường đã xác định lấy nền nếp làm nền tảng, chất lượng giáo dục đại trà làm trọng tâm, nâng cao chất lượng giáo dục mũi nhọn. Cùng với sự đoàn kết, quyết tâm nỗ lực phấn đấu, vượt khó của cán bộ giáo viên với phương châm " tất cả vì học sinh thân yêu",  năm học 2020-2021 nhà trường đã được xếp hạng 29,  nhiều bộ môn đã có sự tiến bộ vượt bậc như: Môn ngoại ngữ xếp hạng 4, môn toán xếp hạng 9 so với các trường THPT trong toàn tỉnh.

          Với những kết quả đạt được, nhà trường đã được nhận nhiều Bằng khen, giấy khen các cấp. Với tinh thần "Đoàn kết - Đổi mới - Sáng tạo - Phát triển", tập thể cán bộ, giáo viên, học sinh Trường THPT Nguyễn Trãi quyết tâm xây dựng nhà trường trở thành địa chỉ tin cậy của nhân dân thành phố Thanh Hóa, xứng đáng với ngôi trường mang tên danh nhân văn hóa thế giới, người anh hùng dân tộc Nguyễn Trãi.

                                                                                                                                                                                  HIỆU TRƯỞNG

                                                                                                                                                                                 Nguyễn Anh Thế